Ο Μιχάλης Στ. Μακράκης έκανε τις μεταπτυχιακές του σπουδές στα ηλεκτρονικά και την εφηρμοσμένη φυσική στο ΜΙΤ και στο Harvard (διδακτορική διατριβή), αντίστοιχα. Έχει δημοσιεύσει έργα σε θέματα ηλεκτροδυναμικής, σκέδασης και ιονισμένων αερίων. Ασχολήθηκε ιδιαίτερα με γενικότερα θέματα ιστορίας της επιστήμης και της ελληνικής ιστορίας. Επιμελήθηκε το ημερολόγιο του πατέρα του Ιστορίες του Βουνού, Mάης-Οκτώβρης του 1944 (1994). Ίδρυσε την μη κερδοσκοπική Εταιρεία Ελληνικών Τυπογραφικών Στοιχείων. Συνέγραψε το Scarcity’s Ways: The Origins of Capital —Α Critical Essay on Thermodynamics, Statistical Mechanics and Economics (1998).
