Ο Jacques Ninio γεννήθηκε το 1942 στο Κάιρο της Αιγύπτου. Σπούδασε βιολογία και απέκτησε διδακτορικό δίπλωμα από το CNRS δουλεύοντας στον τομέα της μοριακής βιολογίας, δίπλα στον Jacques Monod. Έγινε γνωστός σε διεθνές επίπεδο για τις μελέτες του στην πιστότητα της αντιγραφής των γενετικών πληροφοριών, τις οποίες διεξήγαγε ως διευθυντής ερευνητικής ομάδας τού Ινστιτούτου Jacques Monod από το 1974 έως το 1991. Το 1982 δημοσίευσε το βιβλίο Molecular approaches to Evolution προτείνοντας μια σειρά από πολύπλοκους γενετικούς μηχανισμούς που θα μπορούσαν να εξηγήσουν τη γενετική ποικιλότητα των οργανισμών και να τους οδηγήσουν στην εξελικτική πορεία. Παράλληλα ενδιαφέρθηκε για τις ψυχοφυσικές βάσεις της οπτικής αντίληψης και κυρίως για τις γεωμετρικές πλάνες και τη στερεοσκοπική όραση. Από το 1991 εργάζεται στο Εργαστήριο Στατιστικής Φυσικής της Ecole Normale Superieure, στο πεδίο της πειραματικής ψυχοφυσικής, για τη μοντελοποίηση της ανθρώπινης μνήμης και της οπτικής αντίληψης.